Сформирован в мае-июне 1941 года. 5-й запасной авиаполк был сформирован из летно-технического состава 4-го авиационного полка, понесшего отдельные потери в боях в начале войны, и 164-го резервного полка. Первым командиром 5-го запа был Сергей Сергеевич Александров. Специализировался на подготовке частей, вооруженных штурмовиками Ил-2. Летом и осенью 1941 года базировался на Воронежском аэроузле.
Осенью 1941 года, кроме подготовки экипажей и частей, выполнял боевые задания по ведению разведки в районах Воронежа, Орла. В ноябре 1941 года в связи с эвакуацией воронежского авиазавода вслед за ним перебазировался на Куйбышевский аэроузел (аэродром Муханово, Кинель-Черкасского района).
Входил в состав 1-й забр.