ВВС фронта созданы одновременно с формированием Дальневосточного фронта, который создан приказам Наркома обороны Союза ССР от 28 июня 1938 (в соответствии с постановлением Главного военного совета РККА от 8 июня 1938 года). ВВС фронта сформированы на базе ВВС Особой Краснознамённой Дальневосточной армии. В состав ВВС фронта вошли управление, ВВС 1-й и 2-я Армии, а также ВВС Хабаровской группы войск. С 29 июля по 11 августа 1938 ВВС фронта принимали участие в конфликте у озера Хасан. После окончания боевых действий решением Главного военного совета РККА от 31 августа 1938 года управление фронта и ВВС были расформированы. Из ВВС фронта сформированы ВВС 1-й и 2-я Армии. Приказом НКО от 21 июня 1940 года № 0029 с 1 июля 1940 года в связи с проводимой реорганизацией управления войск Дальнего Востока и Забайкальского военного округа сформирован Дальневосточный фронт, в составе которого по штату 2/804 КОВО сформировано управление ВВС фронта. В состав ВВС фронта вошли 1-й Краснознаменной (в полном составе, ВВС 15-й (12-й истребительный авиаполк), 2-й Краснознаменной армий (25 и 28 авиабригады) и части, непосредственно подчиненные командованию Дальне-Восточного фронта: 5-я авиационная дальне-бомбардировочная бригада (Воздвиженка), 8-й и 22-й дальне-бомбардировочные авиаполки (Хабаровск и Возжаевка), 20-я истребительная авиабригада (Хабаровск), 60-й истребительный авиаполк (Комсомольск). С началом войны 22 июня 1941 года в состав ВВС вошла авиация вновь сформированных 25-й и 35-й Армий. ВВС фронта с началом войны боевых действий не вели, выполняли задачи по охране и обороне государственных границ СССР, а также вели подготовку кадров для фронта.
Приказом НКО СССР от 27 июля 1942 года Военно-Воздушные Силы Дальневосточного Фронта 15 августа 1942 года обращены на формирование 9-й, 10-й и 11-й Воздушных Армий Дальневосточного фронта.