22 — 25 июня 1941 дивизия удерживала позиции на советско-румынской границе, позже начала отступление вместе с другими частями ЮФ. В действующей армии: 22.06.1941 — 30.07.1942.
Перед Великой Отечественной войной части 95-й стрелковой дивизии были разбросаны по территории Молдавии, воссоединенной меньше года назад с Советским Союзом. Два полка находились в лагерях вблизи новой госграницы.
Командир дивизии получал от начальника войск Молдавского погранокруга генерал-майора Н. П. Никольского информацию о передвижении румынских частей вблизи границы. При последней встрече с комдивом генерал Никольский сообщил, что на западном берегу Прута, против участка, прикрываемого 95-й дивизией, находятся уже две румынские дивизии, а за ними — две немецкие.
Примерно за две недели до начала войны и штаб корпуса предупредил о возможности провокаций на границе. После этого в частях дивизии были проведены мероприятия по проверке боевой готовности, организованы учебные тревоги. С 18 по 21 июня в дивизии проходили тактические учения. Они проводились недалеко от границы и были максимально приближены к боевой обстановке.
22 июня 1941 года к 4 часам большинство частей 176, 95, 25 и 51-й стрелковых дивизий, а также 9-й кавалерийской первого эшелона 35-го, 14-го стрелковых и 2-го кавалерийского корпусов заняли подготовленную в инженерном отношении оборону вдоль реки Прут. На дивизию в среднем приходилось около 100 км участка границы. Между дивизиями оставались значительные промежутки. Особенно большим был разрыв между 176-й и 95-й стрелковыми дивизиями — более 70 км. Промежутки прикрывались только силами пограничников.
07.1941 дивизия вошла в состав Приморской армии.
К 25.07.1941 дивизия заняла оборону по р. Днестр у Тирасполя.
07 — 10.1941 дивизия участвовала в обороне Одессы .
10.1941 дивизия на кораблях эвакуирована из Одессы в Севастополь, в Крым.
К 07.11.1941 дивизия сосредоточилась в Ливадии, Крым.
11.1941 — 07.1942 дивизия участвовала в обороне Севастополя, фактически уничтожена в начале июля 1942.
95-я Молдавская дивизия была расформирована 30 июля 1942 года. Её номер и номера полков были переданы вновь сформированной 95-й стрелковой дивизии (2-го формирования).